化学化工学院是吉首大学创建最早的院系之一，其前身是吉首大学1960年设立的理化组、1973成立的教研组，1979年设置的化学科、1986年组建的化学系，2003年成立的化学化工学院，是湖南西部及武陵山片区化学化工和食品科学与工程领域人才培养的基地和摇篮。
1958年9月，吉首大学成立。
1959年，吉首大学招48名化工中专班学生，学制为3年；
1962—1970年，学校调整，停止招生；
1970年，学校设立理化组，胡长胜任组长；
1971年，学校举办中学教师进修班，理化组承担培训化学专业学生教学任务；
1972年—1976年，设立化学教研组，招收化学教育专业（专科）学生，学制两年，桂兹和负责教研组工作；
1977年—1978年，高考恢复，化学教育专业（专科）学制改为3年；
1979年初，成立化学科，张有志任科主任，罗光炎、陈金龙任副主任；
1979年9月，面向全省招收41名首届化学教育专业本科生；
1983年7月，首届化学教育专业本科生授予了学士学位；
1984年初，化学与生物两个专业合并为生化系，7月，谷药生任系主任，张永康、罗光炎任副主任，赵开瑛任副书记；
1986年3月，化学与生物分开，组建了化学系，陈立义任系主任，罗光炎任副主任，赵开瑛任副书记；
1988年7月，化学系整体搬迁至砂子坳新校区；
1988年9月，试招食品化学专业二年制专科生；
1988年12月，《无机化学》被湖南省教委确定为重点课程；
1988年底，尹如健任党总支副书记；
1989年9月，开始招收食品工艺专业三年制专科生；
1989年5月，陈立义被授予湖南省“五·一”劳动模范；
1991年9月，张文炳获省级“优秀教师”；
1991年10月，朱苗力任系主任，姚祖凤任系副主任，尹如健任党总支书记；
1992年，张文炳获得“享受国务院政府特殊津贴专家”称号；
1993年，张有志教授等获得湖南省优秀教学成果一等奖；
1993年9 月，化工工艺专业（专科）开始招生；
1994年12月，朱苗力任主任，姚祖凤、麻成金任副主任，王正林任党总支书记；
1995年，姚祖凤获湖南省优秀教师；
1997年，基础化学实验室通过了省级“双基”评估；
1998年6月，姚祖凤任系主任，麻成金、颜文斌任副主任，王正林任党总支书记；
1998年9月，化学专业应用化学方向开始招生；
1998年，张有志获得“享受国务院政府特殊津贴专家”称号；
1999年5月，与生物系合并成立生命科学与化学学院；李鹄鸣任院长，刘应迪、麻成金、颜文斌任副院长，王正林任党总支书记；
1999年，分析测试中心通过了湖南省质量技术监督局的计量认证；
1999年，张有志教授获得“享受国务院政府特殊津贴专家”称号；
2000年9月，增设食品科学与工程本科专业并开始招生；
2001年6月，生命科学与化学学院更名为资源与环境科学学院；李鹄鸣任院长，刘应迪、麻成金、陈功锡任副院长，覃小林任党总支书记；
2001年，张永康教授获得“享受国务院政府特殊津贴专家”称号；
2002年，颜文斌任资源与环境科学学院副院长；
2003年4月，化学化工学院成立，颜文斌担任党总支书记，陈小原（主持行政工作）、欧阳玉祝、肖卓炳任副院长；
2003年，学院与湖南老爹农业科技有限公司共建“湖南省猕猴桃产业化工程技术研究中心”；
2003年9月，应用化学专业开始招生；
2004年7月，颜文斌担任化学化工学院院长，欧阳玉祝任副院长，肖卓炳、彭业锦任党总支副书记；
2004年9月，增设化学工程与工艺本科专业并开始招生；
2004年12月，张永康教授获得科教兴州奖；
2004年12月，李加兴教授获得科教兴州奖；
2005年，覃事栋任副院长；
2005年，基础化学实验室获财政部专项资金立项；
2006年，基础化学实验室被批准为湖南省基础化学示范实验室；
2006年，应用化学、分析化学两个专业获硕士学位授予权；
2006年12月，张永康教授获“科教兴州突出贡献”奖；
2006年12月，麻成金教授获得科教兴州奖；
2006年12月，李加兴教授获得科教兴州奖；
2006年，食品科学专业获湖南省重点专业；
2007年，应用化学、分析化学两个硕士点招收首批10名研究生；
2007年，麻成金教授获湖南省“优秀教师”称号；
2007年7月，胡春荣任党总支书记，向津清任副书记；
2007年7月，吉首大学化学实验教学中心荣获“国家级基础化学实验教学示范中心”建设单位称号；
2007年，应用化学学科获财政部专项资金资助；
2008年，吴显明、李佑稷博士获得国家自然科学基金项目各1项；
2009年9月，增设食品质量与安全本科专业并开始招生；
2009年12月，颜文斌教授获得科教兴州奖；
2009年12月，李加兴教授获得科教兴州奖；
2009年，食品科学与工程专业确定为湖南省特色专业；
2009年 ，学院成为湖南省“食品科学技术实践教学示范中心”建设单位；
2009年，学院“基础化学实验室”通过湖南省教育厅评估，确定为“湖南省普通高等学校基础课示范实验室”；
2009年，基础化学实验获批为湖南省精品课程称号；
2009年，学院获得湖南省科技进步二等奖1项；
2010年，学院获得湖南省科技进步三等奖2项；
2010年，化工实验室和食品科学与工程实验室分获财政部专项资金立项；
2010年4月，胡春荣任正处级调研员，向津清任党总支副书记（主持党总支工作）；
2010年12月，李加兴教授获省“121人才工程”第二层次人选，李辉、李佑稷、张朝晖博士获省“121人才工程”第三层次人选；
2010年，张朝晖、李辉博士获国家自然科学基金项目各1项；
2010年12月，麻成金教授获首届十大“感动湘西”人物称号；
2011年，分析测试中心通过省质量技术监督局CMA资质认证；
2011年9月，李辉、吴显明教授获省级学科带头人；
2011年，李佑稷教授获国家自然科学基金项目1项；
2012年，学院获省自然科学奖二等奖1项，三等奖1项；
2012年1月，彭业锦任党总支副书记（主持党总支工作）；
2012年，“食品科学技术实践教学中心”通过湖南省高校实践教学示范中心建设单位评估；
2012年，学院与丰达合金科技有限公司共建“湖南省锰精深加工工程技术研究中心”；
2012年9月，增设制药工程专业并招收首届本科生；
2012年11月，“国家级化学实验教学示范中心”通过了省级现场评估；
2012年11月，彭业锦任党总支书记；
2012年，肖竹平教授、吴显明教授、张朝晖教授获得国家自然科学基金项目，颜文斌教授获“国家科技支撑计划”子项目1项；
2013年，学院获省自然科学成果三等奖1项；省科技进步三等奖1项；
2013年4月，食品质量与安全专业通过省级评估；
2013年5月，学院与湘西老爹生物有限公司共建“湖南省级研究生培养创新基地”；
2013年6月，学院“化学实验教学中心”获教育部批准为国家级实验教学示范中心；
2013年6月，基础化学实验省级精品课程通过省教育厅合格验收；
2013年8月，彭志远博士获得国家自然科学基金项目1项；
2013年，学院获矿产资源综合利用与功能材料制备创新人才培养基地建设和制药工程实验室建设两项中央财政专项资金立项；
2013年，学院与奥瑞克医药化工有限公司共建湖南省特色植物资源药用成分提取工程技术研究中心；
2013年，学院与丰达合金科技有限公司共建教育部“卓越计划”化学化工类人才培养实践教育基地。
2014年1月，学院获湖南省科技进步奖三等奖1项；
2014年7月，学院获“环境能源材料与武陵山区矿产资源精深加工” 湖南省高校科技创新团队；
2014年8月，唐石、冯秋菊博士获国家自然科学基金项目各1项；
2014年，学院获湖南省发改委“锰锌矿业重金属污染综合防治技术湖南省工程实验室”。
2015年1月，学院获湖南省自然科学奖三等奖1项；
2015年4月，彭水英任学院党委书记；
2015年7月，学院获湖南省教育厅“锰锌钒产业技术”湖南省2011协同创新中心；
2015年8月，颜文斌、张朝晖教授获国家自然科学基金项目各1项；
2015年9月，麻成金教授获湖南省五一劳动奖章；
2015年9月，学院获湖南省科技厅“矿物清洁生产与绿色功能材料开发湖南省重点实验室”。
2016年1月，杨龙斌任学院党委副书记；
2016年2月，学院获湖南省科技进步奖三等奖1项；
2016年3月，李佑稷任副院长；
2016年6月，学院获湖南省教学成果奖二等奖1项；
2016年8月，唐石、王广成博士获国家自然科学基金项目各1项；
2016年9月，“锰锌钒产业技术”湖南省2011协同创新中心转为认定；
2016年，化学一级学科硕士点授权；
2017年5月，学院获湖南省发改委武陵山地区民族药解析与创制湖南省工程实验室；
2017年8月，李佑稷、张朝晖、吴显明、吴贤文、王迎春、彭志远、杨万根获国家自然科学基金；
2018年5月，学院获得湖南省科技进步奖三等奖1项；
2018年8月，肖竹平、李辉教授获国家自然科学基金各1项。
2019年6月，袁花同学被评为湖南省高校百佳大学生党员。
2019年8月，唐石教授获国家自然科学基金1项。
2019年8月，李佑稷副院长主持全面工作，李洪雄任学院党委书记。
2020年1月，李佑稷任学院院长，高静波任学院党委副书记。
2020年3月-8月，受疫情影响，学生未来校，教学方式采用线上教学。
2020年8月，学院化学一级学科硕士点通过教育部合格评估。
2020年9月，制药工程专业划出，并入新组建的药学院。
2020年10月，国家自科基金我院获3项：李佑稷获面上项目支持，吴贤文获地区基金支持，汤森培获青年基金支持。
2020年10月，化学、食品科学与工程专业列入湖南省一流专业建设，并被学校推荐申报国家一流专业。
2020年，学院党委被湖南省教育工委授予高校基层党建“标杆学院”。
2021年1月，李洪雄由学院党委书记调任吉首大学组织部常务副部长。
2021年1月，张朝晖获得湖南省自然科学奖二等奖、颜文斌荣获科技进步奖二等奖。
2021年1月，学院新增省级科研平台---食药两用资源研究与高值化利用湖南省重点实验室。
2021年1月，获得材料与化工、生物与医药两个专业学位硕士点，学院研究生教育进入新阶段。
2021年2月，我院化学专业被评为2020年度国家级一流本科专业建设点。
2021年3月，吴志祥任学院党委书记。
2021年5月，吴贤文、唐石、肖竹平任学院副院长。
2021年8月，姚茂君教授团队申报的“莓茶产业化关键技术研究与示范”获批2021湖南省科技重点研发计划项目。
2021年9月，唐石教授团队在Smiles重排反应（又称微笑反应）应用于氨基酸分子精准合成研究领域取得重要进展，相关成果发表在国际顶级期刊Angewandte Chemie《德国应用化学》,吉首大学为第一完成单位，论文被杂志选为热点文章（Hot Paper）。《德国应用化学》创刊于1887年，作为国际化学领域的顶级期刊在业界具有极大的影响力，最新影响因子为15.336。
2021年12月，湖南省第十四届研究生创新论坛吉首大学“化学合成与功能材料”分论坛由我院成功承办。
2021年，学院党委被湖南省省委授予“湖南省先进基层党组织”。
2022年2月，我院食品科学与工程专业被评为2021年度国家级一流本科专业建设点。
2022年8月，高静波副书记调任招生就业与管理处副处长。
2022年10月，国家自科基金我院获3项：唐石获面上项目支持，肖竹平、王迎春获地区基金支持。
2022年12月，我院新增1个省级现代产业学院：绿色矿冶与新材料产业学院。产业学院将进一步对接国家战略及湖南省“三高四新”战略定位和使命任务，继续深化产教融合机制改革创新，持续投入建设，打造融人才培养、科学研究、技术创新、企业服务、学生创业等功能于一体的示范性人才培养实体。
2022年，李佑稷教授获得“享受国务院政府特殊津贴专家”称号；
2022年，李佑稷教授获得湘西州“武陵人才”专项计划支持；
2023年1月，吴贤文副院长调任科研处副处长。
2023年1月，化学学科进入ESI全球前1%，我校学科建设取得新突破。https://news.jsu.edu.cn/info/1005/15428.htm
2023年3月，王迎春主持的“有机波谱分析”课程获批国家一流本科课程。
2023年8月，本科生获全国大学生化学实验创新设计大赛一等奖1项（全国A类赛事）。
2023年9月，酿酒工程专业第一届本科生开始培养。
2023年，吴贤文入选交叉学科全球高被引用科学家，同时获得“湖南省杰出青年基金”，唐石获得湖南省“中青年优秀科技人才培养计划”支持，滕远入选湖南省“‘小荷’科技人才专项”，李佑稷、吴贤文和张朝晖三名学者入选全球前2%顶尖科学家。
2023年，国家自然科学基金课题地区项目3项，分别为吴显明、滕远、卓欧。
2023年，魏浓荣获湖南省普通高校党务工作示范岗。
2023年，学生第二党支部被评为湖南省党建工作样板支部。
2024年8月，周剑波任学院党委副书记。
2024年，国家自然科学基金课题项目5项，分别为王硕文（青年项目）、汤森培、李运通、吴贤文、吴湘思。
2024年，李佑稷荣获湖南省教育系统优秀共产党员。
