化学化工学院是吉首大学创建最早的院系之一，其前身是 1960 年设立的理化组。 1973 成立理化教研组， 1979 年设置的化学科， 1986 年组建化学系， 1999 年与生物系合并成生命科学与化学学院， 2003 年 4 月成立化学化工学院。是湖南西部及武陵山片区规模大、实力强、平台多、质量好的化学、化工、食品领域人才培养的基地和摇篮，在国内是产学研结合紧密，有一定影响和特色的学院。

学院现有本科专业4个（化学为国家级一流建设专业（含师范教育和化学应用2个方向），食品科学与工程为国家级一流建设专业、化学工程与工艺专业为教育部“卓越计划”支持专业，酿酒工程为武陵山片区区域发展和扶贫攻坚特色专业），化学一级学科硕士学位点1个，“材料与化工”、“生物与医药”专业学位硕士点2个。学院现有全日制本科生1582人，硕士研究生157人，教职工65人，其中教授20人，博士43人、博士生导师5人、硕士生导师36人、教育部新世纪优秀人才1人、芙蓉青年学者1 人、湖南省新世纪121人才工程人选4人、省级学科带头人4人、湖南省杰青3人、湖湘青年英才2人、中组部“西部之光”人选6 人、省青年骨干教师12人、“科教兴州奖”4人次、省级科技特派员或“三区”科技人才23人、湖南省高校创新团队3个、省级研究生优秀教学团队2个、省级研究生优秀导师团队1个、9位教师在湖南省高校教师课堂（创新）教学竞赛、信息化教学竞赛中获奖。

学院教学科研设施齐全，拥有“化学国家级实验教学示范中心（吉首大学）”、杜仲综合利用技术国家地方联合工程实验室1个，“锰锌钒产业技术湖南省2011协同创新中心”、“矿物清洁生产与绿色功能材料开发湖南省重点实验室”、“食药两用资源研究与高值化利用湖南省重点实验室”等19个国家级、省部级重点实验室及实践基地，实验室面积9400平方米，仪器设备总值5700万元。

学院依托武陵山片区丰富的矿产资源、植物资源和农产品资源，大力开展应用研究、科技开发和技术服务。猕猴桃、无盐香醋、显齿蛇葡萄、葛根素、虎杖白藜芦醇、青蒿素、杜仲胶和杜仲籽油、椪柑果醋、甜型黄酒酿造、石煤提矾新技术、锰锌冶炼节能新技术等研究的20余项技术成果实现了产业化，研发新产品和新工艺60种，发展壮大了近12家高科技企业，解决了当地近30万百姓的脱贫致富问题。另外，在有关天然产物全合成与结构修饰、新药设计合成与活性评价、新型印迹材料、碳基光催化材料、绿色有机合成、水性Zn离子电池等方面基础研究取得的多项成果，也达到了国内领先水平。近5年学院承担各类科研项目97项，其中国家自科基金13项，省部级课题25项，项目经费1591万元，发表论文113篇，其中SCI收录84篇，获得国家发明专利授权38项，为地方带来经济效益达30亿元/年；获得湖南省科学技术二等奖2项、三等奖3项；省部级教学成果一等奖1项，二等奖1项。